Sala "Monografía del Castillo de los Tres Reyes del Morro".
Esta sala recoge y pone al alcance de sus visitantes la historia del castillo desde sus orígenes hasta la actualidad: antecedentes y detalles de la construcción, principales transformaciones arquitectónicas, funciones a lo largo del tiempo y personalidades y acontecimientos relacionados con el sitio.
Expone además armamento similar al utilizado por atacantes y defensores de La Habana (siglos XVII-XVIII) así como una muestra de piezas halladas en excavaciones arqueológicas realizadas en los terrenos del Parque Histórico Militar Morro Cabaña.
Sala expositiva permanente “Encuentro entre culturas”
Se ubica en el edificio central del Castillo de los Tres Reyes del Morro. Aborda el encuentro entre españoles y primeros y habitantes de Cuba ocurrido en 1492 a través de mapas, ilustraciones y una reproducción de las tres naves en las que Cristóbal Colon realizó su primer viaje. Se expone además, una muestra de los instrumentos utilizados por los aborígenes en su trabajo y vida cotidiana.
Sala expositiva permanente “Las Fortificaciones de los Antonelli en Cuba”. Siglos XVI-XVII
Se ubica en el Castillo de los Tres Reyes del Morro y fue inaugurada en noviembre de 2016 con la colaboración de la Asociación de Amigos del Castillos de Montjuic. Con un total de 62 paneles informativos, la sala está dedicada a las construcciones realizadas por los ingenieros y arquitectos militares italianos miembros de la familia de los Antonelli en diferentes continentes, en el Caribe y en Cuba
Sala expositiva permanente “Toma de La Habana por los ingleses”
Esta sala, ubicada en el edificio central del Castillo de los Tres Reyes del Morro, tiene la particularidad de exponer la historia de la toma de La Habana por los ingleses ocurrida en el año 1762 a través de doce óleos que reflejan los diferentes momentos de este pasaje.
Sala expositiva permanente "Casa del Gobernador"
Esta sala está ambientada con muebles y piezas que recrean el espacio donde se encontraba la casa del gobernador en el edificio central del Castillo de los Tres Reyes del Morro. Aún conserva la cocina original y balcones al exterior.
Sala Expositiva permanente “Los Faros de Cuba”
Esta sala se encuentra ubicada en el Castillo de los Tres Reyes del Morro y posee una breve panorámica de la historia de los faros en vigilancia existentes en Cuba y principalmente del Faro del Morro de La Habana, desde sus orígenes hasta la actualidad. Está ambientada con elementos expositivos y didácticos relacionados con la temática.
Sala Mueso Venezuela Tierra Libre.
La Sala Mueso “Venezuela Tierra Libre”, rinde homenaje al líder de la Revolución Bolivariana, Hugo Rafael Chávez Frías. Cuenta con dos salas, una relacionada con la historia de Venezuela, desde los aborígenes hasta la Revolución Bolivariana, en la que se muestran asuntos políticos, deportivos, culturales, entre otros. La segunda sala está dedicada exclusivamente a la vida y legado de Chávez. Hace un recorrido desde el nacimiento del líder revolucionario hasta su partida física, en 2013.
Colección de Artillería Siglo XVI al XX.
Forma parte de la colección de la Fortaleza San Carlos de la Cabaña, la conforman piezas de enorme valor. Contamos con la Batería de Salva de 21 Cañones de Ordenanzas, de ellos, 20 son del siglo XVIII y 1 del siglo XIX.